Пилатес и јога имају различите методе дисања. Пилатес је да се удише и издахне кроз нос и издише на уста, док је јога удах и издах кроз нос. Већина људи дише кроз стомак, може дисати кроз грудни кош или удахнути потпуно.
И интензитет вежби за њих двоје је такође различит. Интензитет вежби Пилатес покрета ће бити већи. Пошто је интензитет вежбања пилатес покрета већи, процес вежбања захтева више физичке снаге. Ипак, јога више вежба нашу флексибилност, тако да интензитет није тако велики, али ако сте пријатељ који је тек почео да вежба јогу, можда ћете осетити бол у мишићима.
Ефекти које постижу јога и пилатес су такође различити. Јога углавном мења физиологију и психологију људи да би се постигло стање равнотеже. Пилатес има бољи ефекат на облик тела и може побољшати облик тела људи.